Depuis des siècles, les Templiers et les Assassins se livrent une guerre sans merci sous couvert de Croisades, de pillages et d’Inquisition. Si en 1308, on pensait ces deux puissantes guildes à jamais enfouies dans le sable et le sang de l’Histoire, il n’en est rien. Elles sont là et ont toujours été là, quelque part… attendant simplement le moment propice pour frapper.

Peu importe comment vous vous êtes retrouvés ici. L’on vous donne simplement un nom : « Abstergo ». Ce que vous pensiez n’être qu’une simple entreprise pharmaceutique connue à travers le monde est, en réalité, ce que l’Histoire elle-même a omis de préciser ou bien a volontairement étouffé : le siège central des Templiers.

Que vous le vouliez ou non, vous avez été acteurs et l’êtes encore. Assassins, Templiers, simple civils ou bien Hors-la-Loi… cela n’a que peu d’importance. Désormais, vous n’êtes plus qu’un simple pantin destiné à servir les sombres desseins de l’entreprise.

Mais si seulement tout se passait comme on l'avait prévu… Un bug dans l'Animus. Un brouillage des interférences, une erreur de codage. Qu'importe le risque, les faits sont là. Accidentel ou non, cet incident suffit à tout faire basculer. Les siècles et les époques se mélangent. Les êtres que l’on croyait disparu à jamais renaissent de leurs cendres. Pour quelles raisons ? Et maintenant, quel est votre but ? Trouver l’Eden ? Vous enfuir ? Ou bien… survivre ?

Tout cela ne dépend plus que de vous… et ce sont vos choix qui guideront vos actes. N'oubliez pas... Rien n'est vrai, tout est permis.